展望2006年及以后海峡两岸经贸合作发展前景，有如下几个特点。
两岸经济合作领域从生产层面转向服务层面：未来台商岛内研发基地也加速向大陆转移，许多知名企业纷纷在大陆筹设研发中心、IC设计中心及软件开发基地，利用大陆软件高级人才，开发设计新产品。在未来两岸经贸合作的第四波热潮中，服务业将是热门领域，零售业、物流业、房地产业、金融业、保险业、证券业、电信业、医疗业、专业服务等行业的投资将大幅增加，其中商业物流及一般工商服务将是重点行业，且有持续扩大趋势。
两岸经济合作对象从中小企业转向大企业主导：在新一波的台湾产业外移热潮中，越来越多的大企业加入到外移生产的行列，并带动相关配套企业形成产业链，从而形成大企业主导的新格局。
两岸经济合作形式呈现台资企业本地化趋势：为因应市场竞争需要，降低企业营运成本，越来越多的台商采取“就地取材”的策略，从而带动了大陆台资企业的本地化趋势，包括行政管理人员本地化、产品销售市场本地化、生产原材料供应本地化和企业资金筹措本地化等现象。未来台湾企业在生产、管理、销售等方面的本地化趋势将越来越明显，并成为台商在大陆经营和发展的重要策略之一。
两岸经济合作地区从南向北、由东向西扩展：台商对大陆投资的热点地区，不仅从过去以华南沿海地区为“主战场”转向华东沿海地区，而且将进一步向环渤海湾经济圈北移扩展。台商对珠江三角洲和海峡西岸经济区的投资步伐已明显放缓，投资重心转向以上海为中心，苏南、浙北为两翼的长江三角洲，近年高科技产业的投资主要集中在这些地区。未来台商投资热潮将继续向北延伸，逐步发展到以京、津、冀地区为中心，山东半岛和辽东半岛为两翼的环渤海湾经济圈。从未来发展趋势看，台湾厂商对大陆的投资，将在环大陆沿海外凸弧形地带的基础上，进一步由东向西、由沿海向内陆辐射，形成“遍地开花”的全方位发展格局。 
